Section Aschiza
  Superfamily Platypezoidea
   Phoridae
   Sciadoceridae
   Opetiidae
   Ironomyiidae
   Lonchopteridae
   Platypezidae
  Superfamily Syrphoidea
   Syrphidae
   Pipunculidae
 Section Schizophora
 Sub-section Acalyptratae
  Superfamily Conopoidea
   Conopidae
  Superfamily Tephritoidea
   Ctenostyldae
   Lonchaeidae
   Pallopteridae
   Piophilidae
   Platystomatidae
   Pyrgotidae
   Richardiidae
   Tachiniscidae
   Tephritidae
   Ulidiidae
  Superfamily Nerioidea
   Cypselosomatidae
   Megamerinidae
   Micropezidae
   Neriidae
   Pseudopomyzidae
  Superfamily Diopsoidea
   Diopsidae
   Gobryidae
   Nothybidae
   Psilidae
   Somatiidae
   Syringogastridae
   Tanypezidae
  Superfamily Sciomyzoidea
   Coelopidae
   Dryomyzidae
   Helosciomyzidae
   Ropalomeridae
   Sepsidae
   Sciomyzidae
  Superfamily Sphaeroceroidea
   Chyromyidae
   Heleomyzidae
   Sphaeroceridae
  Superfamily Lauxanioidea
   Celyphidae
   Chamaemyiidae
   Eurychoromyiidae
   Lauxaniidae
  Superfamily Opomyzoidea
   Acartophthalmidae
   Agromyzidae
   Anthomyzidae
   Asteiidae
   Aulacigastridae
   Clusiidae
   Fergusoninidae
   Marginidae
   Neminidae
   Neurochaetidae
   Odiniidae
   Opomyzidae
   Periscelididae
   Teratomyzidae
   Xenasteiidae
  Superfamily Ephydroidea
   Camillidae
   Curtonotidae
   Diastatidae
   Ephydridae
   Drosophilidae
  Superfamily Carnoidea
   Australimyzidae
   Braulidae
   Canaceidae
   Carnidae
   Chloropidae
   Cryptochaetidae
   Milichiidae
   Tethinidae
 Sub-section Calyptratae
  Superfamily Muscoidea
   Anthomyiidae - cabbage fly
   Fanniidae
   Muscidae - house fly
   Scathophagidae - dung fly
   Gasterophilidae
  Superfamily Oestroidea
   Calliphoridae
   Mystacinobiidae
   Oestridae
   Rhinophoridae
   Sarcophagidae
   Tachinidae
  Superfamily Hippoboscoidea
   Glossinidae
   Hippoboscidae
   Mormotomyiidae
   Nycteribiidae
   Streblidae